رغم الجهود والمحاولات من استرجاعها، مازالت مكتبة المولى زيدان بمكتبة الإسكوريال بمدريد الاسبانية، حيث حاول السعديون والعلويون استرجاعها لكن بدون جدوى.
ولا يزال لدى المغرب أمل في إعادة آلاف المخطوطات التي ضاعت منه خلال القرن ال17، المكتبة التي كانت تحتوي على مخطوطات قبل أن تضيع بعرض البحر للسلطان السعدي مولاي زيدان بعد تراجع الدولة السعدية.
وحسب ما يسرده التاريخ فقد استولى أسطول إسباني عام 1612 على سفينة فرنسية تحمل شحنة مخطوطات عربية للسلطان المغربي مولاي زيدان، لتصل بعد عامين إلى مكتبة إيسكوريال التي باتت أهم مكتبة بأوروبا تحتفظ بالكتب العربية.
وكان مولاي زيدان قد ورث المكتبة عن والده منصور الذهبي وقام بحمل الكتب في سفينة فرنسية لنقلها إلى ميناء سوس وذلك بعد انتفاضة أحد أقاربه عليه ففر بموروث أبيه، إلا أنه عند وصول السفينة لم يدفع المولى زيدان لربانها الفرنسي أجرته فرحل بالمكتبة إلى أعالي البحار ليعترض السفينة قراصنة إسبان واستولوا على الخزينة ظنا منهم أنها ذهب.
وفي ال17 من يوليوز 2013 منحت إسبانيا لنظيرتها المغربية 1939 نسخة رقمية كجزء من مخطوطات مغربية نادرة، ومن جانبها أعلنت المكتبة الوطنية المغربية عن توصلها بتلك النسخ من إسبانيا خلال زيارة الملك الاسباني خوان كارلوس للمغرب في حفل بحضور الملك محمد السادس.
وحسب مصادر فلم تكن المكتبة الزيدانية الوحيدة التي تم الاستيلاء عليها بأعالي البحار، حيث استولى القراصنة على مكتبة يهودية تحتوي على خمس مخطوطات ونقلت إلى مالطا، وفي سنة 1648 استولى الإسبان على سفينة إنجليزية كانت تحتوي على ما يقارب 1600 مجلد وجلبوها إلى لشبونة كما يشار إلى أنه في ذاك الوقت تكونت المكتبات الأوروبية عبر عمليات قرصنة المخطوطات.